Laboratoř XRF je primárně zaměřená na prvkovou analýzu kovových předmětů nalezených v rámci archeologického výzkumu. Kromě kovů jsou v laboratoři analyzovány i vzorky dalších materiálů, například vzorky zemin, keramiky, skla, kostí apod.
V současnosti laboratoř XRF disponuje jedním rentgenfluorescenčím spektrometrem Delta Dynamic XRF, BAS Rudice, Česká republika, notebookem vybaveným softwarem pro vyhodnocování dat, ruční vrtačkou 8220 12VMax High-Performance Cordless, Dremel, Racine, Wisconsin, USA a stolní vrtačkou BOSH, PBD 40, Praha, Česká republika. Spektrometr je možné využít i k terénní analýze.
Na povrchu archeologických předmětů se obvykle objevuje zoxidovaná vrstva patiny, která zkresluje výsledky měření. Experimentálně bylo zjištěno, že povrchové měření je pouze orientační a takřka v žádném případě nemůže nahradit analýzu vzorku odebraného z vnitřní části předmětu. Proto je nezbytné malou část patiny odbrousit a odebrat vzorek pomocí vrtáku (0,75 mm). Následně je odebraný vzorek kvantitativně přenesen do vzorkovací nádoby a změřen.